Характерной особенностью руководства деятельностью Института в разные годы было приглашение на работу ведущих специалистов-предметников, ученых Академии наук СССР, преподавателей МГУ, МГПИ, иных высших учебных заведений и педучилищ, членов АПН РСФСР. В их числе А.М. Панкратова, С.Д. Сказкин, Е.А. Косминский (история), А.Я. Хинчин, А.Н. Колмогоров, А.И. Маркушевич (математика), Л.И. Тимофеев (литература); В.Г. Зубов, М.М. Леонтович (физика); Н.Н. Дубинина, Л.Г. Воронина, Ю.И. Полянский (биология, естествознание).

Впервые в отечественной дидактике и частных методиках Институтом было проведено исследование, связанное с введением единого государственного экзамена (ЕГЭ) в школах России. Коллектив провел огромную работу по анализу оценивания выпускных школьных и вступительных экзаменов в 59 странах мира, а также по анализу методов и форм аттестации выпускников России. По заданию Министерства к эксперименту по введению ЕГЭ были разработаны контрольно-измерительные материалы практически по всем предметам учебного плана. С начала эксперимента и по настоящее время сотрудники предметных лабораторий – активные участники всей работы, связанной с ЕГЭ: председатели предметных комиссий, консультанты, разработчики контрольно-измерительных материалов.

Институт достойно встретил юбилеи: 80-летие и 90-летие своего основания. За эти годы проведены важнейшие дидактические и методические исследования. Среди них: возможности изучения информатики и иностранного языка в начальной школе, формирование перспективной модели учебно-материальной среды общеобразовательной школы; принципы разработки технического оснащения образовательного учреждения; требования к учебникам нового поколения; содержание образования в сельской школе; система контроля и оценки на разных ступенях образования; совершенствование методического обеспечения по предметам учебного плана, создание новых УМК по обществознанию, ОБЖ, ОРКСЭ и другие.

В разные годы сотрудники Института были участниками подготовки «Педагогической энциклопедии», «Российской педагогической энциклопедии» (первого и второго издания), «Детской энциклопедии», энциклопедий для младшего школьника («Что такое, кто такой»), энциклопедических словарей юного филолога, историка, географа, физика, биолога; книг для родителей («Все о младшем школьнике»). Ученые Института – главные редакторы научно-методических журналов, которые входят в список ВАК РФ («Начальное образование», «Литература в школе», «Преподавание истории и обществоведения 
в школе», «Информатика и образование», «Русский язык в школе», «Иностранные языки в школе», «Стандарты и мониторинг», «Физика в школе» и др.). Среди них: Н.Л. Крупина, Н.П. Каменецкая, В.Г. Разумовский, Н.М. Шанский, М.В. Рыжаков, А.А. Кузнецов, Н.Ф. Виноградова.  Многие сотрудники Института являются членами редколлегий предметных методических журналов, а также активными авторами статей для них.

Произошедшее в 2014 году объединение пяти институтов под учредительством Министерства образования и науки Российской Федерации открыло новую страницу в научной жизни Института.

Первым директором Института стратегии развития образования стала Светлана Вениаминовна Иванова, прежде возглавлявшая Институт теории и истории педагогики. С 2021 года институт возглавляла Татьяна Владимировна Суханова, с 2023 года – Максим Александрович Костенко.

С 2021 по 2023 годы сотрудники Института проделали огромную работу: при их непосредственном участии были разработаны федеральные государственные образовательные стандарты общего образования, федеральная основная общеобразовательная программа.